藤林長門守は服部半蔵・百地三太夫と並び、伊賀三上忍に数えられる藤林家の当主。
伊賀の上忍でありながら、他の2名と比べても意外なほどに資料が残っておらず、その実像は謎に包まれている。

藤林家は伊賀北部の湯舟郷を支配しており、甲賀との境に接しているため、伊賀忍者の中でも、とりわけ甲賀への影響力が強い人物と考えられる。

また、その資料の少なさと謎多き人物という点から、百地三太夫と同一人物であり二つの人格を使い分けながら伊賀を支配していたとの説もある。

かつて今川義元に雇われていた際に、武田信玄の軍師である山本勘助に忍術を伝授したのと記録も残っている。

なお、忍術秘伝書として有名な万川集海を記したのは、彼の子孫である藤林保武である。